Sekolah ini didirikan pada tahun 1992. Saat pertama kali didirikan, sekolah ini diberi nama SMEA Wiyatamandala. Tahun demi tahun sekolah ini berganti nama dan pada akhirnya sekolah ini bernama SMK Wiyatamandala Bakti. Dibawah naungan Yayasan Pendidikan Wiyata Kebon Bawang. Pada tahun 1992, Bapak H.Husein Malani adalah Kepala Sekolah sekaligus Pendiri SMK Wiyatamandala Bakti. Sejak Bapak H. Husein Malani mendirikan sekolah ini, mulailah pembangunan gedung dan perbaikan. Jadilah sekolah ini tambah berkembang. Pada tahun 2000 ditetapkan menjadi Sekolah Menengah Kejuruan Swasta Pertama di Jakarta Utara pada tahun 2000. Sejak tahun 2013 sekolah ini menjadi Sekolah Kurikulum 2013. Pada tahun 2010 Ibu Fitriyani, ST, M.Si. Diangkat menjadi kepala sekolah SMK Wiyatamandala Bakti hingga sekarang.

Tahun-tahun berikutnya merupakan masa konsolidasi dan pengembangan kementerian. Peralihan kekuasaan kepada Pemerintah RI menjadi momentum penting untuk memperkuat posisi kementerian. Pada tanggal 23 April 1946, Menteri Agama mengeluarkan Maklumat yang isinya : Pertama, Shumuka yang dalam zaman Jepang termasuk dalam kekuasaan Residen menjadi Jawatan Agama Daerah, yang selanjutnya ditempatkan di bawah Kementerian Agama. Kedua, hak untuk mengangkat penghulu Landraad (sekarang bernama Pengadilan Negeri), ketua dan anggota Raad Agama yang dahulu ada di tangan pemerintah kolonial Hindia Belanda, selanjutnya diserahkan kepada Kementerian Agama. Ketiga, hak untuk mengangkat penghulu masjid, yang dahulu ada tangan Bupati, selanjutnya diserahkan kepada Kementerian Agama. Melalui perjuangan yang gigih dan tanpa pamrih para pendahulu kita, sejarah Kementerian Agama menyatu dengan sejarah NKRI. Bahkan dalam masa revolusi fisik dan diplomasi mempertahankan kemerdekaan, Kantor Pusat Kementerian Agama turut hijrah ke Daerah Istimewa Yogyakarta. Kementerian Agama di masa H.M. Rasjidi dapat disebut "kementerian revolusi", karena ketika awal dibentuk, Kementerian Agama sejak 12 Maret 1946 berkantor di ibukota revolusi, Yogyakarta. Dalam Maklumat Kementerian Agama No 1 tanggal 14 Maret 1946 diumumkan alamat sementara kantor pusat Kementerian Agama adalah di Jalan Bintaran No 9 Yogyakarta. Kemudian bulan Mei 1946 alamat Kementerian Agama pindah ke Jalan Malioboro No 10 Yogyakarta. Kantor ini tersedia berkat jasa baik tokoh Muhammadiyah K.H. Abu Dardiri dan K.H. Muchtar. Dalam waktu tersebut tugas-tugas Menteri Agama secara fakultatif tetap memiliki akses dengan Jakarta. Setelah berdirinya Kementerian Agama, urusan keagamaan dan peradilan agama bagi umat Islam yang telah berjalan sejak prakemerdekaan menjadi tanggung jawab Kementerian Agama. Semula hal itu berlaku di Jawa dan Madura, tetapi setelah terbentuknya kembali Negara Kesatuan Republik Indonesia yang didorong oleh mosi integral Mohammad Natsir (periode berlakunya UUDS 1950) dan penyerahan urusan keagamaan dari bekas negara-negara bagian Republik Indonesia Serikat (RIS) kepada Menteri Agama, maka secara de jure dan de facto, tugas dan wewenang dalam urusan agama bagi seluruh wilayah RI menjadi tanggung jawab Menteri Agama

Dalam perkembangan selanjutnya, diterbitkanlah Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1949 dan Peraturan Pemerintah Nomor 8 Tahun 1950 serta Peraturan Menteri Agama Nomor 5 Tahun 1951 antara lain menetapkan kewajiban dan lapangan tugas Kementerian Agama yaitu:

1. Melaksanakan asas Ketuhanan Yang Maha Esa dengan sebaik-baiknya;
2. Menjaga bahwa tiap-tiap penduduk mempunyai kemerdekaan untuk memeluk agamanya masing-masing dan untuk beribadat menurut agamanya dan kepercayaannya;
3. Membimbing, menyokong, memelihara dan mengembangkan aliran-aliran agama yang sehat;
4. Menyelenggarakan, memimpin dan mengawasi pendidikan agama di sekolah-sekolah negeri;
5. Memimpin, menyokong serta mengamat-amati pendidikan dan pengajaran di madrasahmadrasah dan perguruan-perguruan agama lain-lain;
6. Mengadakan pendidikan guru-guru dan hakim agama;
7. Menyelenggarakan segala sesuatu yang bersangkut paut dengan pengajaran rohani kepada anggota-anggota tentara, asrama-asrama, rumah-rumah penjara dan tempat-tempat lain yang dipandang perlu;
8. Mengatur, mengerjakan dan mengamat-amati segala hal yang bersangkutan dengan pencatatan pernikahan, rujuk dan talak orang Islam;
9. Memberikan bantuan materiil untuk perbaikan dan pemeliharaan tempat-tempat beribadat (masjid-masjid, gereja-gereja dll);
10. Menyelenggarakan, mengurus dan mengawasi segala sesuatu yang bersangkut paut dengan Pengadilan Agama dan Mahkamah Islam Tinggi;
11. Menyelidiki, menentukan, mendaftarkan dan mengawasi pemeliharaan wakaf-wakaf;
12. Mempertinggi kecerdasan umum dalam hidup bermasyarakat dan hidup beragama.

Pada waktu memperingati 10 tahun berdirinya Kementerian Agama, tahun 1956, Menteri Agama K.H. Muchammad Iljas menegaskan kembali politik keagamaan dalam Negara Republik Indonesia. Ditegaskannya, bahwa fungsi Kementerian Agama adalah merupakan pendukung dan pelaksana utama asas Ketuhanan Yang Maha Esa.